Obec Čisovice nepochybně patří mezi nejstarší písemně doložená místa na bývalém Zbraslavsku. První písemná zmínka o obci je datována v darovací listině z roku 1037 – kdy český kníže z rodu Přemyslovců Břetislav I. odevzdal benediktinskému klášteru (založenému v roce 1000 při soutoku Sázavy s Vltavou na Ostrově u Davle) vedle jiných majetků také včelaře z Čisovic. Mniši si pořídili o tomto darování pamětní zápis, který vložili později do listiny krále Přemysla Otakara I. z roku 1205.
Z náhodných zmínek ze 14.století lze usuzovat o rýžování zlata v okolí Bojovského potoka. Je pravděpodobné, že i název zalesněných vrchů v Dešinách Velký a Malý Budín (442 m) je odvozen od Bud – provizorních obydlí usídlených rýžovníků.
V roce 1409 Čisovice byly přiděleny k nově založenému mníšeckému panství. Kromě zemědělství se lidé živili prací v lese, pletením košíkářského zboží, výrobou březových košťat apod. Po třicetileté válce (1618-1648) se novým majitelem mníšeckého panství stal bohatý pražský měšťan Servác Engel z Engelsflussu. Byl synem koželuha z Belgie a zúčastnil se obrany Prahy a Karlova mostu proti Švédům a za to byl císařem Ferdinandem III. povýšen do šlechtického stavu s přídomkem “z Engelsflussu”. Tento podnikavý pražský koželuh měl dostatek finančních prostředků k obnově celého panství. K oživení hospodářství na panství poskytoval poddaným dobytek, stavební dříví a osivo a za poddané platil 17 let daně.
Naše obec také dosáhla velmi čilého rozmachu – v roce 1656 Servác Engel z Engelsflussu vybudoval v Čisovicích velikou koželužnu na výrobu librové kůže. Také obnovil Bláhův mlýn (stoupu na drcení dubové kůry, která byla potřebná pro loužení kůží) a pilu nákladem 286 zlatých i krčmu na Špalandě. Původní lesní dřevinou zde byly duby. Po jejich vykácení a zpracování na tříslo a následném novém osázení vznikl les se smíšeným porostem. K Čisovicím patří od dávných dob Bojov, který se společným zakoupením i Bouškovského robotního panství koupil Servác Engel z Engelsflussu v r. 1668 (úřední název Bojov je používán od r. 1923, dříve byl název v pomnožném čísle Bojovy).
Pozdější majitelkou Mníšku (od r. 1846) byla hraběnka Pachtová , za níž v revolučním roce 1848 byla zrušena robota jako poslední symbol poddanství – žila v Čisovicích v čísle popisném 35.
Do roku 1838 docházela čisovická školní mládež do mníšecké školy a bojovská do Líšnice. Toho roku v pronajatých místnostech začal s vyučováním Josef Pelikán (zedník přezkoušený zbraslavským vikariátem, který zde učil 30 let). V r. 1863 byla vystavěna školní budova (nyní kino) nákladem 4.800 Zlatých a 90 krejcarů.
Obci Čisovice s osadou Bojov velmi prospělo od r. 1897 železniční spojení mezi Prahou a Dobříší. Tím došlo k výraznému dojíždění místních lidí za prací zejména do Prahy. Dosud lidé do Prahy chodili pěšky, později se plavili z Davle na vorech a od r. 1850 využívali železnici z Dobřichovic. Trať přispěla k rozmachu trampingu (osada “Údolí stínů” od r. 1924) a pozdějších chatových rekreačních osad v údolí Bojovského potoka.
V obci byla bohatá ložiska cihlářské hlíny a ještě k roku 1939 byly v obci 4 cihelny. Největší z nich “panská” produkovala ročně až 120 tisíc cihel.
V době německé okupace (podzim r. 1943) došlo k zatýkání občanů v Čisovicích za přechovávání osoby, která byla nepřátelská Říši. Hned 24.9.1943 bylo popraveno na Pankráci 6 osob (nejmladší 18 let) a o rok později další žena (po narození jejího dítěte). Další osoby byly uvězněny v německých káznicích.
Nejvýznamnější události – v roce 1987 slavila obec Čisovice 950 let svého trvání. Oslava byla velkolepá – průvod v historických kostýmech, cvičení zdejší tělovýchovné jednoty, hudba, občerství atd. Na památku tohoto výročí byl zhotoven obecní znak – větvička tisu, myslivecký klobouk, vyčiněná kůže a tři modré vlnky (symbol vody).
Další události v nepříliš kladném smyslu jsou povodně, které naši obec již několikrát postihly při toku Bojovského potoka. Ta poslední byla v srpnu 2002, kdy byla vodou zachvácena většina území naší republiky. V Čisovicích však rozsahem větší byly povodně v roce 1977, 1981 a 1995, kdy mnoho domků vedle potoka bylo vyplavených a došlo také k poškození silnice.